如地理设置，记兰州于成化十三年九月复为州，而实录则记在成化十四年四月复县为州。成都府南江，《明史》作正德十一年置，《大明会典》卷十六记为九年添设。如太仆寺之设置，《兵志》中记为设四十牧监。《职官志》、《大明会典》均作“十四牧监”。《兵志》中之“四十牧监”，系承袭《明史稿》中之误。北畿计丁养马，始行于永乐十三年十二月，实录中有记。《明史·兵志》记作十二年，恐为误以月作年，未经核订之故。

《明史·艺文志》史论颇为推崇，然其中失误之处亦不少，前举所录邓名世《古今姓氏书辨证》四十卷，乃宋人之作，误入志中。再如所著录陈仁锡《周礼句解》六卷，据考体例文字多剽窃猥杂，系坊贾托名，而非出陈仁锡之手。修志人似未睹原书而录。顾起元《说略》亦同此，《艺文志》作六十卷，而顾起元自序记，全书只三十卷，志中误记六十。再如《艺文志》中著录杨慎《墨池琐录》1卷、《书品》1卷、《断碑集》4卷，而遗漏《画品》1卷，估计也是成篇时未及仔细订正之故。

其述史不一之处，尚有表、传之不合。如吴悼王允熥之死，卷一○三《诸王世表》作永乐十三年卒。卷一一八《吴王允熥传》则作“永乐十五年卒”。《宰辅年表》汪广洋，洪武三年左丞。而《汪广洋传》则误记为右丞。李贤天顺元年为吏部右侍郎，则当依《李贤传》为左侍郎。又有志、传不合之处，如《徐光启传》记所进《日躔历指》一卷，《艺文志》作四卷；《通率表》一卷，《艺文志》作二卷。均不合。

此类小疵，不胜枚举。以《明史》三百卷之多，虽经修纂日久，难免有失误之处，众人成书，或有顾及不到，在所难免。而《明史》中真正失漏之处不仅在此，而在其有意隐蔽史实。