一是以此宣告明朝已亡，而当时南京的弘光朝廷正与清朝隔江对抗，修《明史》便是不再承认弘光的南明政权存在。二是以此笼络明朝遗臣，通过纂修《明史》，使那些降清的明朝汉族官员有一种情感上的寄托。

从当时的形势来看，开馆修史的条件是根本不具备的。虽然到五月十五日（6月8日）清军攻入南京，南明弘光朝廷灭亡，五月二十八日（6月21日）清廷宣布“平定江南捷音”，但是实际上清军在江南遭到了军民的坚决抵抗，尤其是清廷公布“剃发令”后，更激起江南百姓的抵制。其中著名的战斗有阎应元领导的江阴保卫战，固守孤城达两月之久。

南明弘光政权覆灭后，明臣黄道周、郑芝龙等奉唐王朱聿键于福州建立了隆武政权；与此同时，张国维、张煌言等奉鲁王朱以海于绍兴监国；李自成农民起义军余部也与明总督何腾蛟结合抗清。到顺治三年（1646年），明臣苏观生等奉唐王朱聿键在广州建立了绍武政权，丁魁楚、瞿式耜等又拥立桂王朱由榔建立了永历政权。顺治六年（1649年），张献忠农民军余部在孙可望、李定国率领下，与南明永历政权结合，成为抗清主力之一。

在清军占据的北方各地，与南方抗清形势呼应，山东、山西、陕西、甘肃义师纷起，一些降清明朝将领也先后举旗抗清，在全国范围内，几次掀起抗清**。例如顺治九年（1652年）李定国率军收复宝庆、全州、桂林的战役，迫使清定南王孔有德自杀。顺治十年至十一年，明鲁王部下张名振、张煌言等率舟师攻入长江，直抵南京近郊；郑成功亦率水军攻克舟山。这样的抗清斗争，直到清康熙初年，南明永历帝被吴三桂所杀，郑成功、李定国先后去世，始告一段落。

在这样战火纷飞、政局未定的情况之下，要集中大量人力物力开馆修史，是根本不可能的。

清康熙八年（1669年），康熙皇帝拘禁权臣鳌拜，开始亲政。然而此时政局又有新的变化。康熙十二年（1673年），由于平南王尚可喜、平西王吴三桂和靖南王耿精忠撤藩而引发了“三藩之乱”，从此，又开始了长达八年之久的战乱。直到康熙二十年（1681年）十月，吴三桂之孙吴世璠自杀。“三藩之乱”期间，清廷集中全力平叛，仍然无暇顾及《明史》的修纂，因此，顺治二年（1645年）所下修纂《明史》的诏令，实际只是一纸空文，它的政策作用远远超出了它修史的作用。

《明史》修纂第一阶段无绩可言的另一方面原因，是史料的缺乏和人力的不足。当时不仅没有力量整理明朝的邸抄和档案，而且在征求图书时，献书者也极少，就连最基本的史料明代历朝实录也不完整，天启朝实录缺少七年以后部分，崇祯朝因亡国而无实录。如此种种，也限制了《明史》修纂工作的进展。

修纂第二阶段